抗酸染色的原理是由于分枝杆菌的细胞壁内含有丰富的脂质，这些脂质包围在肽聚糖的外层，使得分枝杆菌通常较难被染色 。为了使其能够被染色 ， 需要将其进行加热和延长染色时间处理 。然而，一旦分枝菌酸与染料结合后 ， 就很难被酸性脱色剂脱色，这就是抗酸染色的名字由来 。
【抗酸染色法的抗酸染色的原理】齐尼氏抗酸染色法采用加热条件使得分枝菌酸与石炭酸形成稳定的复合物 ， 即使经过盐酸酒精处理也不会脱色 。而当进行碱性美兰复染时 ， 分枝杆菌仍然呈现为红色，而其他细菌和背景物质则呈现为蓝色 。
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